五年的追逐化为泡影随着X档案的关闭福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件某天美国得州达拉斯市发生一起爆炸案虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命他们也因此受到上级的指摘然而事后不久穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局该部门据说多年来一直从事外星人的研究并且他们的研究足以导致人类的毁灭两名搭档决定彻查此事但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 　　本片为同名美剧的第一部剧场版